Rafineria Gdańska Sp. z o.o. posiada własną infrastrukturę kolejową, która odgałęzia się od torów PKP PLK S.A. na stacji Gdańsk Olszynka w kilometrze 0,120 linii kolejowej nr 846 Gdańsk Olszynka – Bocznica Rafineria Gdańska. Spółka, zgodnie ze Świadectwem Bezpieczeństwa nr 089/ZI/21.
Bocznica, zgodnie ze Statutem, jest prywatna i nie podlega udostępnianiu, z wyjątkiem OIU. Na terenie bocznicy zlokalizowane są następujące obiekty infrastruktury usługowej: warsztat utrzymania wagonów, warsztat utrzymania lokomotyw oraz oczyszczalnia cystern.